Mirabile e raccolta costruzione in laterizio, con archi a tutto sesto da più parti ed acuti in un solo lato basale. È un eccellente esempio di architettura monastica medioevale con ampi abulacri e spazio verde centrale. Costruito nei primi del Duecento vi risiedettero i Padri Cistercensi e successivamente i Canonici del Capitolo Cattedrale. Nel 1400 fu adibito a cimitero episcopale, vi si tumulavano i vescovi della Diocesi, i prelati atriani ed i cittadini più ragguardevoli. Lungo i corridoi si notano alcuni cenotafi con affreschi del 1400. Colonne stroncate visibili al di sotto dell’attuale pavimentazione testimoniano periodi più antichi (seconda metà del sec. XII). Un pozzo al centro del Chiostro a base ottagonale cinquecentesca, reca la data del 1763. Sull’orlo interno del pozzo scanalature originate dallo scorrimento delle funi per il prelievo d’acqua.

Dalla navata sinistra si accede al piano della loggia superiore del chiostro, che si sviluppa su tre lati di dieci arcate ciascuno, con tozze colonnette in cotto, alcune con svariati capitelli, generalmente molto schiacciati e databili alla fine del secolo XI. Vi si conserva il lapidario con reperti romani e medioevali.

Si scende poi al porticato inferiore, con archi ogivali su vaste colonne, sotto il quale si trovano altri reperti preromani, romani e medioevali e resti di affreschi alle pareti. Da qui bella e interessante vista della parte posteriore della cattedrale e del campanile. Si scende infine alle tre arcate che precedono la conserva d’acqua, la cui fronte presenta un portale a quadruplice rientranza e quattro monofore profondamente strombate. L’impianto del complesso è sicuramente di epoca repubblicana, ma l’attuale divisione è da riferirsi alla fine del secolo II. Al di sopra sorgeva un edificio termale (gli scavi hanno messo in luce parte del pavimento musivo), sostituito poi dalle costruzioni dell’attuale Cattedrale. Il chiostro, con i locali annessi, ospita le raccolte del Museo Capitolare.